大多数の公判では，被告人質問が実施されています。証人に対してするのとほぼ同じように，弁護人が被告人に質問し，検察官が反対質問を行い，更に裁判所が補充尋問を行うこともあります。しかし，このような被告人質問を受けることは，被告人の「義務」ではありません。
被告人は公判廷でも黙秘をする権利があります。一部の質問について答えないというだけでなく，すべての質問に対して応えない―包括的黙秘権を行使するということもできます。この場合，そもそも被告人質問を実施せず，被告人を証言台に立たせないよう弁護人は裁判所に求めることになります。被告人が一切の質問に答えないという意思を明確にしているにもかかわらず，検察官や裁判所が被告人に対して質問を繰り返すことは，黙秘権を実質的に侵害するものですから，当然に違法となります。
被告人質問をするか，それとも一切の質問に答えないかというのは非常に難しい選択です。どうしても被告人の口から証拠の意味や解釈を説明しなければ，誤解を招いてしまうようなケースでは，被告人質問は必須となるでしょう。アリバイを主張しなければならない事案などはその典型かもしれません。他方で，検察官の証拠によって被告人が有罪であることを立証しきれているかどうかのみが問題になるような事案―例えば被告人が犯人かどうかが争われており，犯人性の根拠である防犯カメラ映像からどれだけのことが推認できるかが問題となるケース―などでは，むしろ被告人質問をせず，反対質問自体を回避するという選択もあり得ます。漫然と被告人質問を行うのではなく，そもそも実施するべきか否か，何のために実施するかを考え抜かなければなりません。
